La clausola di salvaguardia delle disposizioni degli statuti speciali e delle norme di attuazione statutaria ha la funzione di limite all'applicazione delle disposizioni della legge statale in cui è inserita, valendo a impedire che quelle in contrasto con i predetti statuti e norme di attuazione siano applicabili agli enti ad autonomia differenziata. L'operatività della clausola di salvaguardia deve, però, essere esclusa nei particolari casi in cui singole norme di legge si rivolgano espressamente anche agli enti dotati di autonomia speciale, con l'effetto di neutralizzare la clausola generale. (Precedenti citati: sentenze n. 40 del 2016, n. 23 del 2014 e n. 241 del 2012).

Una clausola di salvaguardia di portata generale, come quella contenuta nel comma 922 dell'art. 1 della legge n. 208 del 2015 (legge di stabilità 2016), impone comunque il rispetto delle prerogative statutarie, sia sostanziali sia procedurali, degli enti dotati di autonomia speciale. Sia nell'imporre, in termini generali, il rispetto dello statuto speciale e delle norme di attuazione statutaria, sia nell'imporre modalità procedurali specifiche previste dagli statuti e dalle relative norme di attuazione, essa obbliga gli enti in questione a conformarsi ai vincoli (finanziari) derivanti dall'adesione all'Unione europea, nell'esercizio di proprie competenze legislative (art. 2 del d.lgs. n. 266 del 1992, richiamato dall'art. 79, comma 4, dello statuto speciale per il Trentino-Alto Adige) o secondo modalità procedurali dominate dal principio consensualistico.